重庆市畜牧科学院前身是1951年川东行署设立的"川东荣昌种畜场"，经十四次易名九次变更隶属，2006年定名为重庆市畜牧科学院。系公益一类畜牧科研事业单位，是国家生猪技术创新中心牵头建设单位，是国家现代畜牧业科技创新中心、国际合作中心和高级科技人才培养基地。

宗旨是开展畜牧科学研究、促进畜牧业发展；职责任务是开展动物遗传育种与繁殖技术研究、动物营养与饲料科学研究、兽医与兽药科学研究、畜产品贮藏与加工技术研究、畜牧养殖环境与工程技术研究、牧草育种与草地生态研究，承担畜牧业科技成果转化工作，开展畜牧科技合作与交流等。

院总部建在我国首个以农牧为特色的国家高新区所在地——重庆市荣昌区，B区位于重庆市渝中区，设有内设机构25个，其中研究所14个；在职职工500余人；是全国文明单位、科技部国际科技合作基地、全国科普教育基地、全国科技特派员先进集体。