荣昌猪品种资源保护与开发利用”荣获国家科技进步二等奖。该项目从解决我国地方猪品种资源保护与利用存在的共性和关键问题入手，以我国优良地方猪种——荣昌猪为素材，从1991年开始，开展了种质创新、遗传资源保护与利用为主的科学研究，创新形成了从资源保护、品种培育、健康养殖到加工利用的全产业链科技支撑技术体系，将荣昌猪资源优势变为品种优势和经济优势，破解了地方猪资源保护与利用难题，使资源保得住、抗风险、能发展，为其它地方畜禽品种保护利用提供了示范。项目创新了地方猪保种模式，率先建立了地方猪开放式动态三级保种体系，研发出“荣昌猪遗传资源网络信息管理系统”，完善与改进了畜禽遗传资源冷冻保存技术体系；对荣昌猪的优势性状基因进行了挖掘，发现的2个猪肌肉脂肪沉积新基因处于国际领先水平。在猪中首次构建了从出生前到出生后整个发育阶段的microRNA组图谱。项目创新形成常规育种技术、分子生物技术和信息技术相结合的新的育种技术体系，利用该技术培育出以荣昌猪为基础的高肌内脂肪专门化品系、烤乳猪专门化品系和国家审定品种“渝荣I号猪配套系”。2007年以1500万元价格转让，2008年起为农业部主推品种在全国推广。培育出的两个品系为生产高质量的猪肉和产品奠定了基础。项目建立了荣昌猪、荣昌猪专门化品系、渝荣I号猪配套系主要营养需要量推荐参数和配套饲喂技术，修订了《荣昌猪》国家标准，制定营养方案5套；开发新产品42个；构建了荣昌猪健康养殖生物安全控制技术体系；提出了荣昌猪猪肉产品加工新工艺，猪肉品质特性数据库和风味物质图谱等研究达国际先进水平。项目累计推广荣昌猪新品种（系）1234.2万头，覆盖西南90%的地区；近三年新增销售额318.9亿元，新增利润26.6亿元。获授权专利36项（其中发明专利16项）；制修订国家标准2个；发表论文112篇，其中SCI收录26篇；出版专著9部；培养博士19人、硕士49人。